La sección de waterpolo de la UPV nace a principios de los años 90. La sección femenina y la masculina han ido construyendo y consolidando el nombre del «Poli» en las ligas autonómicas gracias a las ligas y copas ganadas durante toda su historia. Ambos equipos han participado en Fases de Ascenso Nacional en numerosas ocasiones. En 2010 desaparece la sección de waterpolo tras el recorte de presupuesto, pero lxs jugadorxs crearon el Waterpolo Levante siguiendo con el proyecto deportivo y generando una cantera que nutra los primeros equipos. En 2022 vuelve la sección deportiva de Waterpolo UPV más fuerte que nunca, con un total de 160 socias y socios desde los 7 años y 10 equipos, entre los cuales destacan primer y segundo equipo absoluto (tanto femenino como masculino) y el equipo máster. 

Desde su creación, los primeros equipos han jugado siempre en la Liga de Honor de la Comunidad Valenciana (primera liga autonómica), aunque se han disputado campeonatos de ascenso nacionales. En 2021 el equipo femenino consiguió la plata en el campeonato de España de Segunda División Nacional.

Waterpolo UPV tiene su sede en la piscina de la UPV. Los equipos absolutos entrenan 4 días a la semana, a partir de las 21.30h, combinando entrenamientos físicos (seco) y el trabajo de «agua» en la piscina.